Le lycée (secondaire) du CCSJ comporte actuellement 6 classes, 2 classes à chaque niveau de 2nde, 1ère et Terminale, offrant les trois filières de L, ES et S (système français) et LH, SE, SG SV (système libanais)
Le lycée constitue la dernière étape du parcours scolaire des élèves, dans la continuité des étapes du primaire et du collège. Cette dernière étape est tout à fait déterminante pour la préparation aux études supérieures, et ainsi, pour la construction de l’avenir personnel, professionnel et social de chaque élève.
Le parcours du lycée comprend une année de consolidation des apprentissages fondamentaux et d’orientation générale, la classe de seconde. Dans les classes de 1ère et de terminale, les élèves suivent les filières et des enseignements spécialisés, en fonction de leurs vœux et de leur profil, déterminants pour les cursus supérieurs où ils s’engageront après leur baccalauréat.
L’engagement formulé dans le projet d’établissement du CCSJ est de permettre à tous ses élèves de se présenter aux deux baccalauréats, libanais et français. Les enseignements des deux programmes sont croisés de manière à leur donner les connaissances et les compétences nécessaires pour réussir chacun des deux examens.
Partout, les systèmes éducatifs visent actuellement à améliorer l’articulation et la continuité entre l’enseignement secondaire et supérieur. C’est dans ce but aussi que le système français propose une nouvelle réforme à partir de l’année scolaire 2018-2019. Les élèves actuellement en classe de 2nde ont donc commencé à suivre de nouveaux programmes et un nouveau cursus. Ils seront aussi les premiers à passer le nouveau baccalauréat français en 2021. 
Ces nouveaux programmes visent un enseignement plus progressif de la seconde à la terminale, un meilleur accompagnement des élèves, une plus grande personnalisation des parcours et un approfondissement dans les programmes, pour une meilleure préparation à l’enseignement supérieur.
Une nouveauté majeure : la suppression des filières classiques (L, ES, S), remplacées par un ensemble plus souple de spécialités au choix des élèves (3 spécialités en 1ère ; 2 en terminale), proposées à côté des enseignements communs.
Une autre grande nouveauté : les modalités d’évaluation au baccalauréat. Le nouveau baccalauréat comportera un bloc d’épreuves communes qui comptera pour 60% de la note finale : l’épreuve de français (écrit et oral) en 1ère, et quatre épreuves en terminale : une épreuve de philosophie ; deux épreuves de spécialité ; un grand oral portant sur un projet lié à une ou deux spécialités.
Pour le reste, il s’agira d’un contrôle continu comprenant les bulletins de 1ère et Terminale (10% de la note finale) et des examens communs de type bac blanc, deux en 1ère et un en terminale (30% de la note finale).
Enfin, au-delà des programmes académiques et des examens, le CCSJ accompagne au plus près ses lycéens dans cette étape essentielle pour la formation de leur personne et de leur personnalité, dans l’acquisition de leur savoir et savoir-faire en tous domaines, dans le développement de leur savoir-être savoir-devenir individuel et social. Une étape où ils se forment à devenir des citoyens responsables en consolidant les valeurs et la culture qui leur ouvrent les portes sur le monde et sur leur avenir.
